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當植物發生病害的時候，通過植物病菌檢測儀鑒別其病害種類和狀況，有利于防止其擴散和傳播，保護農業生產。要想做好植物病害監測工作，就需要了解其發病機理。

一般植物的病害分為非傳染性病害、傳染性病害兩大類，傳染性病害較為嚴重，容易造成大面積的農業災害，傳染性病害一般是由病菌侵害發生的，能夠傳染。引起傳染性病害的病菌大多數為真菌，其次就是病毒和細菌，以及線蟲和寄生性種子植物等。

對于這些植物病害情況，前期診斷很重要，因此在現代農業中，為了做到未雨綢繆，開始使用植物病菌檢測儀來進行植物病害的檢測，可以在植物的發病初期，就診斷出其發病狀況，從而最大限度的降低農業損失，而且效果也好。植物病害的診斷，首先應該是區別是病害還是傷害，傷害是沒有病變過程，病害是有病變過程的。如果是病害，還要區別是非傳染性的，還是傳染性的病害。植物病害的診斷是一項比較復雜的工作，以往由于缺少儀器的支持，病毒病害與非傳染性病害容易混淆，因為病毒病害在外表看不出病癥，區別病毒病與非傳染性病害，除根據有無傳染現象外，還可根據病害的發生特點。當然，現在借助植物病菌檢測儀診斷植物病害則更加簡單和款速，非常適合應用于現代大面積的農業生產作業中。